Головними темами Декартової метафізики є подолання скептицизму, пошук джерел абсолютно певного знання, статус людського Я, доведення існування Бога, реальність людської свободи (суміщеної з науковим поглядом на світ як незламну послідовність причин), відмінність і єдність душі й тіла («субстанційний союз», що й нині є теоретичною основою позиції т. зв. «дуалізму» в нейронауках).